{"id":19849,"date":"2024-06-18T15:28:41","date_gmt":"2024-06-18T13:28:41","guid":{"rendered":"https:\/\/staging.wp-ibdm.nicolasg.fr\/?p=19849"},"modified":"2024-06-18T15:32:57","modified_gmt":"2024-06-18T13:32:57","slug":"analyse-automatique-des-motifs-dans-les-muscles-avec-patternj","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/staging.wp-ibdm.nicolasg.fr\/fr\/analyse-automatique-des-motifs-dans-les-muscles-avec-patternj\/","title":{"rendered":"Analyse automatique des motifs dans les muscles avec PatternJ"},"content":{"rendered":"\t\t
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Les structures spatiales r\u00e9guli\u00e8res sont des formes d’organisation omnipr\u00e9sentes dans la nature. Chez les animaux, on trouve des motifs r\u00e9guliers de l’\u00e9chelle cellulaire \u00e0 l’\u00e9chelle tissulaire, et des premiers stades du d\u00e9veloppement \u00e0 l’\u00e2ge adulte. Pour comprendre la formation de ces motifs, comment ils s’assemblent et maturent, et comment ils sont affect\u00e9s par des perturbations, une description quantitative pr\u00e9cise des motifs est essentielle. Cependant, les biologistes manquent d’outils accessibles qui offrent une analyse approfondie sans n\u00e9cessiter de comp\u00e9tences en informatique. <\/p>\n

Dans un nouvel article publi\u00e9 dans Biology Open, M\u00e9lina Baheux Blin, Vincent Loreau, Frank Schnorrer et Pierre Mangeol pr\u00e9sentent PatternJ, un nouvel ensemble d’outils permettant d’analyser des motifs r\u00e9guliers de mani\u00e8re pr\u00e9cise et automatique. Cet ensemble d’outils, \u00e0 utiliser avec le programme de traitement d’images populaire ImageJ\/Fiji, facilite l’extraction de caract\u00e9ristiques g\u00e9om\u00e9triques cl\u00e9s de motifs dans les images statiques et les s\u00e9ries temporelles d’images. PatternJ a \u00e9t\u00e9 test\u00e9 avec des donn\u00e9es simul\u00e9es et les auteurs ont montr\u00e9 son utilit\u00e9 sur des images de sarcom\u00e8res de muscles d’insectes et de cardiomyocytes en contraction, d’anneaux d’actine dans les neurones et de somites d’embryons de poisson z\u00e8bre obtenues par microscopie confocale \u00e0 fluorescence, STORM, microscopie \u00e9lectronique et imagerie en fond clair. <\/p>\n

La simplicit\u00e9 d’utilisation et les fonctionnalit\u00e9s de PatternJ en font un outil pr\u00e9cieux pour divers domaines scientifiques n\u00e9cessitant une analyse quantitative des motifs unidimensionnels, notamment la biologie des sarcom\u00e8res des muscles ou la structuration des axones mammif\u00e8res, acc\u00e9l\u00e9rant ainsi les d\u00e9couvertes avec une reproductibilit\u00e9 \u00e9lev\u00e9e.<\/strong><\/p>\n

Blin et al., PatternJ: an ImageJ toolset for the automated and quantitative analysis of regular spatial patterns found in sarcomeres, axons, somites, and more, Biology Open (2024), https:\/\/doi.org\/10.1242\/bio.060548<\/a><\/p>\n\t\t\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t

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Un outil pour ImageJ\/Fiji analyse automatiquement les motifs trouv\u00e9s dans les muscles, les neurones et plus encore.<\/p>\n","protected":false},"author":27,"featured_media":19857,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"_acf_changed":false,"footnotes":""},"categories":[79],"tags":[],"class_list":["post-19849","post","type-post","status-publish","format-standard","has-post-thumbnail","hentry","category-news-fr","ibdm_team-team-127"],"acf":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/staging.wp-ibdm.nicolasg.fr\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/19849","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/staging.wp-ibdm.nicolasg.fr\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/staging.wp-ibdm.nicolasg.fr\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/staging.wp-ibdm.nicolasg.fr\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/users\/27"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/staging.wp-ibdm.nicolasg.fr\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=19849"}],"version-history":[{"count":8,"href":"https:\/\/staging.wp-ibdm.nicolasg.fr\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/19849\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":19867,"href":"https:\/\/staging.wp-ibdm.nicolasg.fr\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/19849\/revisions\/19867"}],"wp:featuredmedia":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/staging.wp-ibdm.nicolasg.fr\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/media\/19857"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/staging.wp-ibdm.nicolasg.fr\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=19849"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/staging.wp-ibdm.nicolasg.fr\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=19849"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/staging.wp-ibdm.nicolasg.fr\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=19849"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}