{"id":15336,"date":"2023-02-01T20:00:15","date_gmt":"2023-02-01T19:00:15","guid":{"rendered":"https:\/\/staging.wp-ibdm.nicolasg.fr\/?p=15336"},"modified":"2023-02-06T10:48:12","modified_gmt":"2023-02-06T09:48:12","slug":"montre-moi-ton-rythme","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/staging.wp-ibdm.nicolasg.fr\/fr\/montre-moi-ton-rythme\/","title":{"rendered":"Montre-moi ton rythme !"},"content":{"rendered":"\t\t
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De nombreux syst\u00e8mes biologiques sont organis\u00e9s en phases ou \u00e9tats temporels. Le cycle cellulaire, par exemple, comporte 4 phases principales : une premi\u00e8re phase d’\u00e9cart (G1), au cours de laquelle la cellule commence \u00e0 cro\u00eetre et d\u00e9termine si elle doit se diviser ou non, suivie d’une phase de synth\u00e8se (S) au cours de laquelle l’ADN est r\u00e9pliqu\u00e9, puis d’une autre phase d’\u00e9cart (G2), au cours de laquelle la cellule continue \u00e0 cro\u00eetre et se pr\u00e9pare \u00e0 la phase finale, la mitose (M), au cours de laquelle le g\u00e9nome dupliqu\u00e9 est s\u00e9par\u00e9 en deux cellules filles. Le rythme circadien est un deuxi\u00e8me exemple, dans lequel des g\u00e8nes cl\u00e9s de l’horloge r\u00e9gulent l’expression des g\u00e8nes selon un rythme quotidien de 24 heures qui a \u00e9volu\u00e9 pour s’adapter aux cycles quotidiens de lumi\u00e8re et d’obscurit\u00e9. Ces phases ou \u00e9tats temporels d’un syst\u00e8me biologique sont cr\u00e9\u00e9s par la disponibilit\u00e9, \u00e0 un moment pr\u00e9cis, de prot\u00e9ines r\u00e9gulatrices sp\u00e9cifiques dans une cellule, ainsi que par leurs interactions pr\u00e9cises les unes avec les autres Ces changements d’\u00e9tat des cellules ou des syst\u00e8mes biologiques peuvent \u00eatre mesur\u00e9s en quantifiant les niveaux de prot\u00e9ines ou d’ARNm (par approximation) dans des exp\u00e9riences de s\u00e9ries chronologiques.<\/p>\n

Nous avons d\u00e9velopp\u00e9 une m\u00e9thode, Phasik, pour extraire les informations de phase de ces s\u00e9ries temporelles en combinant les donn\u00e9es d’expression temporelle avec les donn\u00e9es d’interaction des r\u00e9seaux d’interaction de prot\u00e9ines. Nous construisons un r\u00e9seau (partiellement) temporel, puis nous regroupons les “instantan\u00e9s” de ce r\u00e9seau temporel. Nous avons test\u00e9 Phasik de mani\u00e8re approfondie et avons pu montrer que nous pouvions retrouver de mani\u00e8re fiable les phases et sous-phases connues du cycle cellulaire et d\u00e9tecter l’arr\u00eat du cycle cellulaire chez les mutants. Avec Phasik, nous pouvons \u00e9galement retrouver le rythme de 24 heures de l’horloge circadienne et nous montrons que ce rythme est perturb\u00e9 chez les mutants du g\u00e8ne de l’horloge.<\/p>\n

Phasik est le premier algorithme de regroupement de r\u00e9seaux temporels appliqu\u00e9 et disponible pour les syst\u00e8mes biologiques. De plus, c’est la toute premi\u00e8re fois que nous d\u00e9montrons que des informations temporelles partielles pour seulement un sous-ensemble d’interactions dans le r\u00e9seau sont suffisantes pour extraire les phases d’un syst\u00e8me temporel. Phasik peut \u00eatre utilis\u00e9 pour d\u00e9duire les phases d’un large \u00e9ventail de syst\u00e8mes biologiques moins connus et peut aider \u00e0 mieux comprendre leurs m\u00e9canismes sous-jacents. Le code est disponible gratuitement <\/a>(Python, Jupyter).<\/p>\n\t\t\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t

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En savoir plus<\/h3>\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t
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Inferring cell cycle phases from a partially temporal network of protein interactions<\/a><\/p>\n

Authors:<\/strong> Maxime Lucas (IBDM, CPT, I2M), Arthur Morris (University of Oxford), Alex Townsend-Teague (University of Oxford), Laurent Tichit (I2M), Bianca Habermann (IBDM), Alain Barrat (CPT)<\/p>\n

Funding:<\/strong> The Turing Centre for Living Systems (CENTURI, ANR-16-CONV-0001)<\/p>\n\t\t\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t

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Contact<\/h3>\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t
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Bianca Habermann<\/a><\/div>\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<\/section>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

Phasik est un algorithme permettant d’extraire les phases des syst\u00e8mes biologiques en regroupant des r\u00e9seaux temporels partiels.<\/p>\n","protected":false},"author":3,"featured_media":0,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"_acf_changed":false,"footnotes":""},"categories":[132,79],"tags":[],"class_list":["post-15336","post","type-post","status-publish","format-standard","hentry","category-recherche","category-news-fr","ibdm_team-team-126"],"acf":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/staging.wp-ibdm.nicolasg.fr\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/15336","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/staging.wp-ibdm.nicolasg.fr\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/staging.wp-ibdm.nicolasg.fr\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/staging.wp-ibdm.nicolasg.fr\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/users\/3"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/staging.wp-ibdm.nicolasg.fr\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=15336"}],"version-history":[{"count":4,"href":"https:\/\/staging.wp-ibdm.nicolasg.fr\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/15336\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":15349,"href":"https:\/\/staging.wp-ibdm.nicolasg.fr\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/15336\/revisions\/15349"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/staging.wp-ibdm.nicolasg.fr\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=15336"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/staging.wp-ibdm.nicolasg.fr\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=15336"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/staging.wp-ibdm.nicolasg.fr\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=15336"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}